MobiVision V(D)J結(jié)果釋義

輸出結(jié)果文件

mobivision vdj 默認(rèn)輸出結(jié)果文件如下，總計(jì)17個(gè)文件，其中SAMPLEID_outs目錄為軟件自動生成，無需用戶指定。除此之外，還會產(chǎn)生我們最關(guān)注的輸出結(jié)果文件SAMPLEID_outs文件，前綴SAMPLEID代表的是自身樣本的ID命名。SAMPLEID_outs的結(jié)果文件中包含15個(gè)文件，具體文件解釋如下：

_flagdone 是任務(wù)運(yùn)行成功的flag文件，會在mobivision vdj任務(wù)完成后自動輸出；
_log 是任務(wù)運(yùn)行過程中生成的日志文件；
SAMPLEID_airr_arrangement.csv代表airr格式的重疊群重排結(jié)果；
SAMPLEID_all_contig_annotations.bed代表bed格式的所有重疊群的注釋結(jié)果
SAMPLEID_all_contig_annotations.csv代表csv格式的所有重疊群的注釋結(jié)果
SAMPLEID_all_contig_annotations.json代表json格式的所有重疊群的注釋結(jié)果
SAMPLEID_all_contig.fasta是所有重疊群的fasta序列文件
SAMPLEID_all_contig.fasta.fai是所有重疊群fasta序列的index文件
SAMPLEID_all_contig.fastq代表重疊群序列中包含序列質(zhì)量信息的fastq文件
SAMPLEID_clonotypes.csv代表克隆型的結(jié)果文件
SAMPLEID_filtered_contig_annotations.csv代表過濾后的重疊群的注釋結(jié)果文件
SAMPLEID_filtered_contig.fasta代表fasta格式的過濾重疊群的序列文件
SAMPLEID_filtered_contig.fasta.fai代表過濾重疊群fasta序列的索引文件
SAMPLEID_filtered_contig.fastq代表過濾重疊群的fastq序列文件
SAMPLEID_metrics_summary.csv代表csv格式的分析總結(jié)文件
SAMPLEID_Report.html是html格式的質(zhì)控報(bào)告，可以對數(shù)據(jù)質(zhì)量結(jié)果進(jìn)行可視化展示，便于用戶直觀判斷文庫質(zhì)量
SAMPLEID_Report.json代表json格式的質(zhì)控報(bào)告

質(zhì)控報(bào)告釋義

mobivision vdj分析完成后，會生成html質(zhì)控報(bào)告。 BCR測序、TCR測序以及混合建庫測序均會生成相應(yīng)的html質(zhì)控報(bào)告，它們的內(nèi)容大致相同。此處我們將分別介紹BCR的html報(bào)告與TCR的html報(bào)告。內(nèi)容組成上，兩份報(bào)告均由Overview、Sample、Cells、Sequencing & Enrichment、VDJ Annotation與Clonetypes六部分組成。

1. TCR的html 報(bào)告

01 Overview

在TCR的html報(bào)告中，報(bào)告首行為以上3個(gè)指標(biāo)。這3個(gè)指標(biāo)分別代表該樣本基于TCR數(shù)據(jù)預(yù)計(jì)的T細(xì)胞數(shù)目、每個(gè)細(xì)胞的平均讀段數(shù)目以及含有有效V-J對的細(xì)胞數(shù)目，用戶可以通過這3個(gè)指標(biāo)判斷測序文庫的復(fù)雜度與測序深度，從而評估構(gòu)建的文庫是否達(dá)到預(yù)期。

02 Sample

Sample欄中包含信息如下：

樣本名稱
參考基因組名稱
建庫試劑盒名稱
分析軟件的流程版本名稱

03Cells

在TCR的html報(bào)告中, Cells欄左圖為 Barcode Rank Plot ，右側(cè)為細(xì)胞相關(guān)指標(biāo)。左圖描述了Barcodes與UMI Counts的數(shù)量關(guān)系，橫軸代表UMI Counts數(shù)由高到低的標(biāo)簽序號，縱軸代表每個(gè)細(xì)胞標(biāo)簽對應(yīng)的UMI數(shù)目。相較于報(bào)告開頭Overview的個(gè)指標(biāo)，此處還描述了每個(gè)細(xì)胞的TRA UMI與TRB UMI 平均表達(dá)情況以及每個(gè)細(xì)胞的有效reads等指標(biāo)。關(guān)于這些指標(biāo)的具體釋義，用戶可以點(diǎn)擊右上角的問號，獲得更為詳細(xì)的help信息（其他欄目也可以相同形式獲取help信息）。如下，為點(diǎn)擊問號之后，詳細(xì)的help信息：

04 Sequencing & Enrichment

Sequencing &Enrichment欄左側(cè)為讀段比對的三個(gè)指標(biāo)，分別表示比對到V(D)J基因的、比對到TRA與比對到TRB的讀段占所有讀段的百分比。右側(cè)為測序質(zhì)量指標(biāo)，從上到下分別為測序的Reads數(shù)量、條形碼中Q30堿基的百分比、有效的Barcodes百分比、RNA測序片段Read1中Q30堿基的百分比、RNA測序片段Read2中Q30堿基的百分比以及UMI中Q30堿基的百分比。

05 VDJ注釋

VDJ 注釋欄中含有11個(gè)注釋指標(biāo)，分別對應(yīng)配對克隆型數(shù)量、含有TRA重疊群的細(xì)胞、含有TRB重疊群的細(xì)胞、含有跨越V-J區(qū)的TRA重疊群的細(xì)胞、含有跨越V-J區(qū)的TRA重疊群的細(xì)胞、含有有活力的跨越V-J對的細(xì)胞、含有有活力的跨越(TRA,TRB)V-J對的細(xì)胞、含有TRA重疊群且能注釋出CDR3的細(xì)胞、含有TRB重疊群且能注釋出CDR3的細(xì)胞、含有有活力的TRA重疊群的細(xì)胞與含有有活力的TRB重疊群的細(xì)胞百分比。關(guān)于這些指標(biāo)，用戶若有疑問，再次溫馨提示一下，可以點(diǎn)擊右上角的問號，獲得更為詳細(xì)的help信息。如下，為VDJ注釋部分的具體help信息：

06 Clonetype

Clonetype主要分為兩部分，第一部分是豐度最高的前10種克隆型的細(xì)胞占比柱形圖，第二部分是豐度最高的前10種克隆型的ID、CDR3s的氨基酸序列、頻率以及所占整體比率的表格。

2. BCR的html報(bào)告

相較于TCR的html報(bào)告，BCR報(bào)告的內(nèi)容框架與其大致相同。但是由于BCR針對的是IgH、IgK與IgL等指標(biāo)，TCR針對的是TRA與TRB等指標(biāo)，兩者在具體評估指標(biāo)上還是存在區(qū)別。這些區(qū)別主要分布于Cells、Sequencing & Enrichment、 VDJ Annotaition與Clonetypes部分。具體展示如下：

03 Cells

相較于TCR的Cells欄中右側(cè)的指標(biāo)，BCRs的Cells欄中右側(cè)指標(biāo)主要是將每個(gè)細(xì)胞的TRA UMIs與TRB UMIs中位數(shù)替換為每個(gè)細(xì)胞的IGH UMIs 、IGK UMIs與IGL UMIs中位數(shù)。